Hacia 1521 Hernán Cortés pidió a Nuño de Guzmán la exploración y conquista del Occidente de Nueva España. Nuño de Guzmán fue acompañado por 500 soldados españoles y 15,000 mexicas sometidos...
El interés era dominar las tierras de los grupos Caxcanes, que estaban del otro lado de la Barranca de Huentitán. Nuño de Guzmán derroto a los caciques de la región y decidió ponerle a las tierras conquistadas Guadalajara, en honor a la ciudad española de Guadalajara.
En un principio, estuvo en la Mesa del Cerro, más poco duró la Villa en este sitio; el 19 de mayo de 1533, se proyectó mudarla de lugar.
Ante la negativa de Cristóbal de Oñate de establecerse en Tlacotán, se decidió fundar la villa en Tonalá, donde permanecieron durante dos años.
La fundación en Tlacotlán ocurrió en 1535; ahí los españoles llevaban una mala vida debido a la carencia de alimentos y actividades económicas. Sin embargo, los españoles se negaban a adentrarse en terrenos Caxcanes, quienes pronto entraron en pleito con ellos por las tierras, comenzando la Guerra del Mixtón. Finalmente, 63 peninsulares entre los que se encontraba Juan de Oñate, hallaron un lugar seguro en el valle de Atemajac. El martes 14 de febrero de 1542 fundaron Guadalajara por cuarta y definitiva vez.
El 10 de diciembre de 1560, Guadalajara se convirtió en la capital de la Nueva Galicia y más tarde en la Sede del Obispado, comenzando a tener importancia fundamental como centro de actividades en el occidente del país.